Stefan Ruppaner gilt als Bildungsreformer, der die Alemannenschule Wutöschingen von 2005 bis 2024 leitete und sie von einer Grund- und Hauptschule zu einer überregional renommierten Gemeinschaftsschule mit gymnasialer Oberstufe transformierte. Unter seiner Leitung entstand die innovative Schmetterlingspädagogik, die das Selbstorganisierte Lernen und die individuelle Potenzialentfaltung in den Mittelpunkt stellt und 2019 mit dem Deutschen Schulpreis ausgezeichnet
wurde.
Im Februar 2025 veröffentlichte er gemeinsam mit Anke Willers im Rowohlt Verlag das Buch „Das könnte Schule machen“, in dem er beschreibt, wie seine Vision einer Schule der Zukunft Realität wurde. Zudem engagiert sich Stefan Ruppaner als Vorstandsvorsitzender der gemeinnützigen Materialnetzwerk eG, die die kostenlose Bereitstellung und den Austausch von Lernmaterialien für selbstorganisiertes Lernen fördert.